Το ανάκτορο της Κνωσού, το μεγαλύτερο από τα ανάκτορα της Κρήτης, και η πόλη που αναπτύχθηκε γύρω του είναι κτισμένα στην κορυφή και τις πλαγιές του χαμηλού λόφου της Κεφάλας, στη συμβολή του ποταμού Καίρατου και του μικρού ρέματος της «Βλυχιάς». Η ασφάλεια, η εύφορη γη, το νερό και η μικρή απόσταση από τη θάλασσα ήταν οι κύριοι λόγοι όχι μόνο επιλογής της θέσης ως χώρου εγκατάστασης ήδη από τους απώτατους προϊστορικούς χρόνους αλλά και της ευημερίας και της ανάπτυξης που γνώρισε.
Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης του χώρου ανάγονται στη Νεολιθική περίοδο όπου φαίνεται ότι υπήρχε εκτεταμένος οικισμός, τμήματα του οποίου έχουν εντοπισθεί στη «Δυτική» και «Κεντρική αυλή». Στη «Δυτική αυλή» έχουν επίσης ανασκαφεί τμήματα προανακτορικών οικιών.
Το πρώτο ανάκτορο οικοδομήθηκε γύρω στο 1900 π.Χ. και για την κατασκευή του έγιναν εργασίες ισοπέδωσης και διαμόρφωσης του λόφου. Από τα λίγα τμήματα που σώζονται («Αποθήκη γιγαντιαίων πίθων» κ.ά.) φαίνεται ότι είχε διαμορφωθεί το βασικό του σχέδιο, οργανωμένο σε τομείς γύρω από τη μεγάλη «Κεντρική αυλή». Τα συστήματα ύδρευσης και αποχέτευσης ήδη λειτουργούσαν. Καταστράφηκε γύρω στο 1700 π.Χ. και στη θέση του οικοδομήθηκε το νέο, που με λίγες μεταγενέστερες προσθήκες σώζεται μέχρι σήμερα.
Η κατασκευή του ακολούθησε ένα συγκεκριμένο αρχιτεκτονικό σχέδιο, παρόμοιο με αυτό των άλλων ανακτόρων, που ήταν σύμφωνο με το χαρακτήρα και τη λειτουργία του ως κέντρο πολιτικής, οικονομικής και θρησκευτικής εξουσίας. Κύριο στοιχείο παρέμεινε η κεντρική αυλή, γύρω από την οποία αναπτύχθηκαν μνημειώδη κτίρια, με άξονα προσανατολισμού τον Β.-Ν. Είσοδοι υπήρχαν σε όλες τις κατευθύνσεις, με επισημότερες τη νοτιοδυτική και τη βόρεια. Η Δυτική πτέρυγα περιλάμβανε ιερά, επίσημες αίθουσες και εκτεταμένους αποθηκευτικούς χώρους, ενώ η Ανατολική τα βασιλικά διαμερίσματα. Εργαστήρια, αποθήκες και άλλοι χώροι ποικίλων λειτουργιών υπάρχουν στα Β. και Ν. Ανάμεσά τους αναγνωρίζονται χαρακτηριστικές αρχιτεκτονικές μορφές της περιόδου όπως πολύθυρα (σύνολο δωματίων με πολλαπλά ανοίγματα στις δύο ή τρεις πλευρές τους) και δεξαμενές καθαρμών (μικρά ορθογώνια ημιυπόγεια δωμάτια, όπου η πρόσβαση γινόταν με μικρή κλίμακα καμπτόμενη σε ορθή γωνία).
Οδοντωτές προσόψεις, ανισοϋψείς επίπεδες στέγες με επιστέψεις διπλών κεράτων και όροφοι (δύο στα Δ. και πέντε στα Α.) σε συνδυασμό με την ποικιλία των χρωμάτων και των υλικών δομής έδιναν μια ιδιαιτερότητα στις όψεις του ανακτόρου. Πελεκημένοι πωρόλιθοι είχαν χρησιμοποιηθεί στην τοιχοδομία. Τα δάπεδα καλύπτονταν με πλάκες πράσινου σχιστόλιθου με αρμούς από κόκκινο κονίαμα. Από ξύλο ήταν κατασκευασμένοι οι κίονες, οι δοκοί, οι παραστάδες των θυρών κ.ά. Πλάκες γυψόλιθου κάλυπταν τοίχους (με τη μορφή ορθομαρμάρωσης) και δάπεδα. προσδίδοντας πολυτέλεια στους χώρους. Από γυψόλιθο είχαν επίσης κατασκευαστεί βάσεις κιόνων και παραστάδων, καθίσματα, σκάλες κ.ά. Τη διακόσμηση των δωματίων συμπλήρωναν πολύχρωμα κονιάματα και τοιχογραφίες.
Το ανάκτορο της Κνωσού είναι το μόνο που συνεχίζει να λειτουργεί μετά την καταστροφή του 1450 π.Χ., οπότε εγκαθίστανται οι Μυκηναίοι. Η «Αίθουσα του Θρόνου» και τα γύρω από αυτή διαμερίσματα ανήκουν σε αυτή την περίοδο.
Μετά την τελική καταστροφή του 1380 π.Χ. μεγάλα τμήματα του ανακτόρου ανακαταλήφθηκαν και μετασκευάστηκαν κυρίως σε ιδιωτικές οικίες. Τα «Προπύλαια» μετατράπηκαν σε αποθήκες και δωμάτιο της ΝΑ. πτέρυγας διαμορφώθηκε στο «Ιερό των Διπλών Πελέκεων».
Ανασκαφικές εργασίες στην Κνωσό έγιναν για πρώτη φορά το 1878 από τον φιλάρχαιο Ηρακλειώτη έμπορο Μίνωα Καλοκαιρινό, που ανακάλυψε τμήμα της Δυτικής πτέρυγας του ανακτόρου.
Η συστηματική ανασκαφική έρευνα άρχισε τον Μάρτιο του 1900 από τον A. Evans, διευθυντή τότε του Μουσείου Ashmolean της Οξφόρδης. Δύο χρόνια μετά η ανασκαφή του ανακτόρου είχε σχεδόν ολοκληρωθεί.
Στα χρόνια που ακολούθησαν έγιναν συμπληρωματικές έρευνες που ολοκληρώθηκαν το 1930-31. Μετά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο η Βρετανική Αρχαιολογική Σχολή συνέχισε την ανασκαφική έρευνα με σημαντικά αποτελέσματα, τόσο στο ανάκτορο όσο και στη μινωική πόλη που το περιβάλει.
Η ανάγκη συντήρησης του ανακτόρου φάνηκε από τα πρώτα χρόνια της ανασκαφής. Τα ευπαθή υλικά κατασκευής του αποδείχθηκαν εξαιρετικά ευαίσθητα στις καιρικές συνθήκες. Κατά την πρώτη φάση της αναστηλωτικής τους προσπάθειας, το 1905, ο Evans και οι συνεργάτες του περιορίστηκαν στην προστασία των ερειπίων. Μετά το 1925 όμως ο A. Evans επιχείρησε μια ριζική αποκατάσταση του μνημείου χρησιμοποιώντας σε μεγάλη κλίμακα το οπλισμένο σκυρόδεμα. Αποκαταστάθηκαν όροφοι και αρχιτεκτονικά σύνολα. Οι ξυλοδεσιές και οι μινωικοί ξύλινοι κίονες κατασκευάστηκαν από σκυρόδεμα και αποδόθηκαν χρωματικά. Οι τοιχογραφίες συμπληρώθηκαν και αντίγραφά τους τοποθετήθηκαν σε διάφορα σημεία.
Οι επεμβάσεις του Evans προκαλούν ποικίλες αντιδράσεις. Παρατηρήθηκε ότι μερικές φορές δεν είναι σαφή τα αρχαιολογικά στοιχεία στα οποία στηρίχτηκε η αποκατάσταση. Σε άλλες περιπτώσεις δεν ξεχωρίζουν τα αρχαία κατάλοιπα από τις επεμβάσεις. Οι αποκαταστάσεις δεν είναι αντιστρέψιμες. Πολλοί πάντως πιστεύουν ότι οι επεμβάσεις αυτές ήταν αναγκαίες για την προστασία του μνημείου. Επιπλέον, εξάπτουν το ενδιαφέρον των επισκεπτών και τους βοηθούν να κατανοήσουν καλύτερα την αρχιτεκτονική του ανακτόρου. Άλλοι όμως θεωρούν ότι οι αποκαταστάσεις σε μεγάλο βαθμό προβάλλουν στους επισκέπτες τις ιδέες του Evans και τις κυρίαρχες αισθητικές και ιδεολογικές τάσεις της εποχής του. Σήμερα πάντως η αναστήλωση του ανακτόρου από τον Evans αποτελεί αναπόσπαστο μέρος του μνημείου και της ιστορίας του.
Μετά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο έγιναν εκτεταμένες εργασίες αποκατάστασης του ανακτόρου από τους διευθυντές του Μουσείου Ηρακλείου Ν. Πλάτωνα και Σ. Αλεξίου. Οι εργασίες περιορίστηκαν όμως στη συντήρηση της αρχαίας τοιχοδομίας, στη συμπλήρωση δαπέδων και στην προστασία ορισμένων χώρων με στέγαστρα.
Τη δεκαετία του ’90 εργασίες συντήρησης του σκυροδέματος του Evans έγιναν από τη Διεύθυνση Αναστήλωσης και την ΚΓ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων.
Το έργο με την επωνυμία «Ανάκτορο και Αρχαιολογικός χώρος Κνωσού» εντάχθηκε στο Γ΄ ΚΠΣ το 2000, με φορέα υλοποίησης το Ταμείο Διαχείρισης Πιστώσεων για την Εκτέλεση Αρχαιολογικών Έργων (Τ.Δ.Π.Ε.Α.Ε.).
Από το 2001 την ευθύνη του συντονισμού τόσο του έργου αυτού όσο και εκείνου που εκτελέστηκε στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ είχε η Επιστημονική Επιτροπή Κνωσού.
